Емилия Баалбаки завършва специалност „Акушерка“ през 1998 г. в Медицински университет – София, след което продължава обучението си със специалност „Социална педагогика“ в Софийския университет (2007) и магистратура по „Управление на здравни грижи“ (2017).
През годините е част от екипа на водещи лечебни заведения като СБАЛОЗ, ПСАГБАЛ „Света София“, МБАЛ „Света София“, МЦ „Вяра“, 5 МБАЛ и Втора САГБАЛ „Шейново“, където в периода 2018–2023 г. заема позицията главна акушерка.
Носител е на наградата „Професионалист на годината – 2018“ и е сертифициран медиатор. Емилия непрекъснато развива знанията и уменията си чрез десетки семинари и специализирани курсове в България и чужбина. Владее английски, руски и арабски език, което ѝ позволява да общува с внимание и разбиране с пациенти от различни среди.